Devido a eliminação do São Raimundo-AP por ter escalado um jogador irregular, alguns confrontos da segunda fase da Série D, foram alterados. Inclusive decretando confrontos entre times baianos, já que tem três representantes na disputa.
Com isso, Juazeirense e Jacobina vão se enfrentar, enquanto o Fluminense de Feira, que iria pegar o Sousa-PB, jogará contra o Campinense-PB. Anteriormente, o Cancão de Fogo enfrentaria o Campinense e o Jegue da Chapada teria pela frente o Ceilândia-DF.
A situação causa um choque entre os três times. Caso o Fluminense elimine a equipe paraibana, vai encarar o time vencedor entre Juazeirense e Jacobina nas oitavas de final, resultando na continuidade de apenas um time baiano chegando às quartas de final do certame.
A Série D dá quatro vagas na Série C do Campeonato Brasileiro, ou seja, os times que alcançam a semifinal, terão garantia do acesso.